Углубления, в которых находятся озера, называются озерными котловинами. Причин образования озерных котловин много, и котловины эти очень разнообразны. Самые большие и самые глубокие из них образуются в результате движений земной коры. При медленном опускании ее обширных участков возникли котловины Каспийского и Аральского морей-озер. Котловина Байкала — следствие образования гигантских трещин и раздвижения участков земной коры.
В долинах горных рек встречаются глубокие запрудные озера. Примером может быть Сарезское озеро на Памире глубиной более 400 м. Грандиозный обвал, вызванный землетрясением, преградил путь реке Мургаб, создав плотину, которую река не может размыть уже более 80 лет. Путь реки может преградить также поток лавы или ледник.
Есть озера, занимающие кратеры потухших вулканов. В местности, сложенной растворимыми породами, озерные котловины образуются вследствие опускания (провала) поверхности над пустотами. На холмистых равнинах озера лежат в понижениях между холмами.
В пойменных долинах часто можно видеть небольшие сильно вытянутые озера — старицы. Это участки бывшего русла реки, изменившей в этом месте свое направление.