Взаимоотношения паразитов и клеток тканей растений при проявлении активного иммунитета очень сложны и выявляются в разных степенях: от практически полного или абсолютного иммунитета до слабой устойчивости. Активный иммунитет может сопровождаться не только физиологическими и химическими реакциями, но иногда выявляется некоторыми анатомическими новообразованиями, например изоляцией гифов гриба тканями растения-хозяина.
Бернар (Bernard, 1909) отметил у орхидей явления, напоминающие фагоцитоз у животных. Роль фагоцитоза у растений, однако, как признают все авторы (Nobecourt, 1927, стр. 153), очень ограничена.
В начальных фазах развития паразитов нередко можно проследить положительное хемотропическое действие содержимого клеток растения на гифе грибов. Английским микологом Масси (Massee, 1905) была развита даже целая хемотропическая теория иммунитета, оказавшаяся, однако, несостоятельной по мере углубления знаний (см.: Вавилов, 1919). Проникновение паразита через устьица и даже эпидермис является только начальной фазой, далеко не определяющей сущности дальнейших взаимоотношений паразита и клеток растений.
Американская исследовательница Аллен, изучив цитологически поведение устойчивых и восприимчивых сортов пшеницы в отношении к стеблевой ржавчине, обнаружила у иммунных сортов следующую картину взаимоотношений гриба и тканей хозяина: а) гифы гриба не так легко проникают в устьице, как у восприимчивых сортов; б) вступая в контакт с клетками мезофилла, гифы вызывают отмирание клеток хозяина, на которые непосредственно действуют гифы, и плазмолизируют соседние ткани; в свою очередь токсические вещества, выделяемые отмирающими клетками хозяина, убивают гифы и гаустории гриба, в то время как у восприимчивых сортов последние проникают вглубь без препятствий; в) выделение токсических веществ отмирающими клетками приостанавливается в своем действии на здоровые ткани утолщением стенок клеток, окружающих отмирающий участок. В целом цитологическая картина поведения иммунных сортов в отношении ржавчины и мучнистой росы выявляет явный антагонизм между грибом и клетками хозяина. Проникшие гифы и гаустории гриба не получают нормального питания и гибнут от истощения (starvation). Наоборот, у восприимчивых сортов поражаемые клетки, по-видимому, даже стимулируются в первое время и лучше снабжаются питательными веществами. Предложенная H. И. Вавиловым шкала иммунитета (Вавилов, 1913, 1919) построена на учете этих взаимоотношений тканей растения и паразитов.
Веллензик (Wellensiek, 1927), изучивший поведение восприимчивых и поражаемых ржавчиной сортов кукурузы, указывает, что в этом случае иммунность сорта выявляется в истощении паразита, в явном его голодании.