Автор: Св. Синод был также вынужден принять поправки, внесенные правительством в проект Устава БПЦ, подготовленный в 1950 г. Через Дирекцию вероисповеданий Св. Синоду были предъявлены следующие требования, которые надлежало внести в Устав: назначаемые церковным руководством митрополиты и кандидаты на занятие патриаршего престола проходят процедуру предварительного одобрения Советом министров; в составе Церковно-народного собора по выборам патриарха должны участвовать три представителя государственной власти; назначение архиерейских наместников осуществляется по согласованию с Министерством иностранных дел. Впоследствии власть потребовала внести и некоторые другие изменения в проект Устава. В результате стороны пришли к взаимному компромиссу, и 31 декабря 1950 г. Устав БПЦ был утвержден заместителем председателя Совета министров Владимиром Поптомовым, курировавшим в то время вопросы религиозной политики правительства.
С целью компрометации политики Ватикана и дискредитации позиций католицизма в стране в 1952 г. было проведено несколько процессов против деятелей Католической церкви. По обвинению в организации «шпионской и заговорщической католической организации», связях с иностранными разведками и «антинародной деятельности» к смерти были приговорены епископ Евгений Босилков, священники Йосафат Шишков, Павел Джиджов, Камен Вичев, Йосиф Тончев и д-р Петко Момчилов. В ходе следствия умер священник Фортунат Бакалский. К различным срокам тюремного заключения были приговорены священники д-р Дамян Гюлов (основатель и редактор католической газеты «Истина»), Роберт Прустов, Гавриил Беловеждов, Стефан Цоков (помощник настоятеля католического храма Св. Йосифа в Софии) и еще 44 человека. Не все из них вышли на свободу: в тюрьме умер епископ Иван Романов.
В мае 1953 г. в столице был проведен Третий церковно-народный собор БПЦ, завершивший каноническое устройство Православной церкви. Восстановленный по решению Собора патриарший престол занял митрополит Пловдивский Кирилл. Однако восстановление патриаршества и приведение всей деятельности и организации церкви в соответствие с ее новым Уставом, утвержденным центральной исполнительной властью, не положило конец сложностям в отношениях между государством и БПЦ. Власти по-прежнему вмешивались во внутреннюю жизнь сталинизма. Однако он не сделал углубленных выводов, характеризовавших развитие Болгарии после 1944 г. и особенно в 1949—1956 гг., как и не произвел необходимых комплексных перемен в руководстве компартии, а затем и во всех звеньях государственного аппарата. В очередной раз был продемонстрирован разрыв между словом и делом, между теорией и практикой, между идеалами и политической реальностью. Очевидно, что Болгария была еще очень далека от тех процессов, которые в 1956 г. имели место в Польше и Венгрии. Ожидаемая либерализация политической жизни страны наступила лишь спустя 33 года, в условиях изменившейся коренным образом международной обстановке.