Пероксисомы (микротельца) — это небольшие вакуоли, имеющие одиночную мембрану и мелкозернистое содержимое. В центре располагается сердцевина, состоящая из кристаллического вещества. Пероксисомы, вероятно, принимают участие в процессе синтеза углеводов из белков и жиров и участвуют в метаболизме перекиси водорода в клетке.
Клетки некоторых тканей в связи с особенностями их функции, кроме указанных органелл, имеют специальные органеллы, которые обеспечивают клетке специфику ее функции. Такие органеллы представляют собой разного рода нити белкового характера. В мышечных клетках это миофибриллы, обеспечивающие мышечное сокращение, в нервных клетках — нейрофибриллы, в клетках эпителия — тонофибриллы, обеспечивающие прочность клеток и их объединение в пласт, и др. Кроме органелл, в цитоплазме много различных включений.
Внутриклеточные включения — это структуры, появляющиеся в клетке и исчезающие в зависимости от условий ее обмена и интенсивности функций. Они имеют вид то более, то менее крупных зерен и глыбок, капель, вакуолей. По составу это — белковые вещества, жир, гликоген, витамины, пигментные включения и экскретируемые вещества. Их количество крайне непостоянно и зависит от условий обмена и питания, в которых в данный момент находится клетка. Например, если накормить жиром мышь после предварительного голодания, то легко обнаружить появление большого количества жировых капель в клетках печени.
Ядро, так же как цитоплазма, является необходимой составной частью клетки. Чаще оно располагается в центре. Как правило, в клетке бывает одно ядро, однако некоторые клетки имеют несколько ядер (многоядерные). Форма и размеры ядер разнообразны, но типичны для каждого вида клеток. Форма ядер в значительной мере обусловлена формой клетки: у шаровидных клеток ядра круглые, у цилиндрических — овальные, у вытянутых мышечных клеток — вытянутые. У клеток, меняющих свою форму, ядра могут быть даже дольчатые. Размеры ядер зависят от размеров клетки. Для каждого типа клетки отношение размеров ядра к размеру цитоплазмы постоянно.
От цитоплазмы ядро отделено хорошо выраженной ядерной оболочкой. В электронный микроскоп видно, что она состоит из двух мембран с пространством между ними. Наружная мембрана может быть связана с мембранами цитоплазматической сети. Наличие рибосом на поверхности этой мембраны обусловливает синтез белка. Внутренняя мембрана не имеет рибосом. К ней прикреплены участки хроматина, чем обеспечивается упорядоченное деление.